Minato revient à l'internat après une semaine d'hospitalisation où il a été veillé par Yukari. Un nouvel élève, Junpei, rejoint leur dortoir car il présente lui aussi des aptitudes extraordinaires. Le SEES décide d'enquêter dans le tartarus, un immense labyrinthe qui n'existe qu'au cours de la 25e heure, afin d'en apprendre plus sur les shadows.