Après la victoire du Fléau, le monde de Hyrule est ravagé par les monstres. Sofia, jeune Hylienne orpheline, tente de survivre dans la ville reconstruite de Mezna. A la tête d'un gang de récupérateurs, elle passe son temps à explorer les villages voisins pour retrouver des objets de valeur. Un jour, elle découvre de mystérieux fragments.