1786, l'inventeur de la chirurgie judiciaire, Antoine Léonard Toussaint, est invité par l'Académie des sciences de Lyon à dispenser des cours au collège de chirurgie mais le recteur Coudurier, en charge de l'apothicairerie de l'hôpital de la Charité, est assassiné. L'enquête est confiée à Toussaint, qui est aidé du jeune pharmacien Pierre Michelet et du commissaire Bernardin.