C'est la veille de la rentrée des classes. Tôma tente de finir ses devoirs mais le destin semble s'acharner sur lui. Sans cesse interrompu, il doit affronter deux nouveaux ennemis. Le premier s'intéresse de très près à Mikoto, le second enlève Index. Quant à Accelerator, cible de nombreuses attaques depuis sa défaite, il voit débarquer chez lui l'une des soeurs.